Lors de l'affrontement final contre Sephiroth, la fusion entre Kadaj et la tête de Jénova se dissipa. Cloud tint Kadaj dans ses bras pour écouter ses dernières paroles lorsque Loz et Yazoo tentèrent un dernier assaut sur Cloud dans une énorme explosion et ainsi ramener leur "frère" avec eux. Même si les corps du trio n'étaient plus, Cloud bien que mortellement blessé était toujours vivant. Son équipe l'escorta en urgence vers l'Eglise des taudis, conscients que seul "Aerith" pouvait faire quelque chose. Le miracle ne se fit pas attendre, l'eau du Sacre qui se trouvait dans l'église prit soin de guérir ses blessures ainsi que toutes les autres personnes atteintes des Géostigmates. Le monde était une nouvelle fois sauvé et la Planète n'était plus en danger.

Cependant, tout n'était pas encore terminé. En effet, puisque la fusion entre la tête de Jenova et Kadaj s'était estompée auparavant, la tête de Jénova était à nouveau à terre, bien caché dans le décor attendant qu'on vienne la ramasser. Les Turks tombèrent de nouveau sur celle-ci avec la ferme conviction de ne plus la laisser tomber entre de mauvaises mains. Celle-ci sera mise de côté pendant les quelques années à venir, presque oubliée de tous. Puisque le Sacre permettait de réduire à néant l'influence et le corps de Jénova, en revanche d'autres expérimentations tentaient de montrer que l'entité extraterrestre émettait et recevait des signaux sur une fréquence inconnue. La recherche battit de son plein. On ne savait pas quels étranges signaux la Calamité envoyait, ce mystère se devait d'être percé par les scientifiques disponibles.

Ces recherches ne furent pas veines, la conservation de la tête de Jénova fut une bonne chose, en théorie. Ces signaux que l'entité extraterrestre envoyait était un moyen de communication, les signaux qu'elle recevait émettaient des ondes de la même fréquence que les siens. La Calamité communiquait avec quelque chose. Les scientifiques émirent plusieurs hypothèses dont la suivante : Jenova avait sans doute des semblables et leur communication pouvait être de l'ordre de l'univers. S'il existait d'autres entités de la même forme et nature qu'elle, le pire était alors à craindre pour les habitants et la Planète.

Mis au courant de ces expérimentations afin de veiller au bon fonctionnement de la Planète, Nanaki surveillait les astres via le Planétarium de son défunt grand-père, Bugenhagen. Consultant pour la prospérité de son village et de la planète, un détail n'échappa pas à sa vigilance. Une sorte de comète se dirigeait droit vers la Planète. Nanaki avait réalisé que cette comète était une petite planète éloignée du système solaire, une planète insignifiante où la vie avait rendu l'âme et comme montrait généralement les expositions de Bugenhagen, la terre s'effritait au point de devenir poussière. Cette planète avait été vidée de son énergie spirituelle, la comète qui semblait s'approcher de leur Planète semblait signifier qu'il pouvait s'agir d'un nouveau danger. Si la Planète devait subir à nouveau une nouvelle collision qui sait ce qu'il adviendrait d'elle ?

L'état d'urgence était à nouveau déclaré, il fallait trouver un moyen de dévier cette nouvelle comète, ou bien de l'éradiquer. Au dire des scientifiques, cette comète émettait les mêmes ondes que Jénova, difficile de croire qu'il s'agissait d'une coïncidence. Nanaki en était persuadé, Jénova avait dû communiquer avec l'un de ses semblables et maintenant ceux-ci venaient pour terminer ce que Jénova avait commencé. Difficile de ne pas prédire ce qu'il allait arriver. Si la comète arrivait à terme sur la Planète, laissant une nouvelle blessure béante, celle-ci ne pourrait s'en remettre et envisagerait de nouveau à réveiller les Armes légendaires.

La technologie actuelle leur permettrait sans doute de créer diverses inventions pour stopper cette comète, cependant, un autre facteur entra en jeu avant même qu'ils eurent le temps de construire quoi que ce soit. La comète qui les mettait en danger disparut soudainement. Cette situation laissa Nanaki perplexe. La comète ne semblait plus être dans l'univers. Soudain un autre phénomène se produisit. Une sorte de vague noire s'était propagée, chassant un instant la lumière du soleil, une nuit obscure au point qu'on ne pouvait voir les étoiles. Au même moment retentissaient des tremblements et des explosions à la surface de la Planète. Des sortes d'étoiles filantes parcouraient ce ciel obscur de diverses couleurs, un temps soit rouge, soit bleu, jaune, puis verte [...].

Toutes ces sortes d'étoiles filantes s'écrasèrent à divers endroits de la Planète. Le phénomène s'estompant, des chercheurs ainsi que les Turks et autres membres du WRO allèrent observer ces étranges phénomènes. Leur découverte fut la suivante : des sortes d'objets, dont l'un ressemblait fort étrangement aux matérias qu'ils utilisaient mais n''ayant pas les mêmes propriétés que celle-ci.

On pouvait croire que la menace de la comète et de ses envahisseurs n'était plus. Cependant, alors que l'agitation était concentrée sur la découverte de ces petites météorites aux formes étranges une chose avait été négligée, la surveillance de Jénova. Ce phénomène n'avait pas seulement amené une pluie de météorite, il avait été plus loin que ça. Le corps de Jénova avait été reconstitué lors de l'impact de la vague noire dans l'univers, un phénomène encore plus étrange que celui précédemment évoqué, la compression du temps survenue d'une autre planète lointaine. Son corps reconstitué, Jénova avait pu s'enfuir avec l'aide de son fils qui réapparut lui aussi mystérieusement sans explications, mais les caméras étaient une preuve plus que suffisante, Sephiroth était de nouveau présent.

Après avoir vaincu Ultimecia, une fête fut organisée en l'honneur des Seeds ayant mis un terme aux agissements de la Sorcière, du moins c'était ce qu'ils croyaient. Or, la Sorcière n'avait pas dit son dernier mot. Du futur, bien avant que les Seeds ne viennent lui faire face et à l'apogée de sa puissance, elle créa un portail temporel qui la fit voyager à travers les âges pour revenir dans ce qui était le présent. Cette action ne fut pas sans conséquences. Des distorsions temporelles se créèrent un peu partout sur la planète, les distorsions étaient matérialisés sous l'apparence de bulles dans le ciel avec à l'intérieur des évènements passés où de l'avenir.

Le présent était perturbé par ces oracles étranges. Plusieurs villes constatèrent le phénomène et demandèrent aux Seeds d'enquêter à ce sujet, il était possible que ce fait était réalisé par une sorcière. Squall, directeur de la BGU, se déplaça avec une équipe de Seeds sur les lieux où sont apparus ces étranges phénomènes. Après avoir constaté que ces distorsions étaient semblables à celles qu'ils avaient eu l'occasion de voir lors de la défaite d'Adel et d'Ultimécia, ils en déduisirent rapidement que ça ne pouvait être que l'oeuvre d'une sorcière.

Devant ce phénomène, ils allèrent demander conseil à Laguna. Il confia au Seeds qu'ils avaient détectés une énorme source d'énergie d'origine inconnue qui s'était manifesté juste avant ces distorsions temporelles, non loin de l'Orphelinat. Laguna avait envoyé des soldats d'Esthar pour vérifier ce qu'il se passait là-bas, mais ceux-ci n'étaient jamais revenu à ce jour pour en témoigner. Depuis cet évènement tragique aucune autre équipe avait été envoyée sur les lieux. Par ailleurs les pouvoirs d'Ellone avaient augmenté en puissance, Laguna confia Ellone aux Seeds leur assurant qu'elle pouvait leur être utile car elle pouvait fermer ces distorsions temporelles. L'équipe de Seeds se divisa, l'une accompagné d'Ellone ayant pour mission de fermer ces distorsions temporelles et l'autre de se diriger vers l'endroit où avait été détecté cette source d'énergie.

Une fois sur les lieux, l'équipe de Seeds semblait revivre l'instant où ils avaient découvert les corps des Seeds Blancs devant la citadelle d'Ultimecia, chose qui s'était passé dans le futur. Or, dans le cas présent il s'agissait des soldats d'Esthar que Laguna avait envoyé qui jonchaient le sol. Devant eux se trouvait Ultimecia, cela ne faisait qu'aucun doute que ces distorsions temporelles provenaient d'elle. L'équipe chercha à savoir ce qu'elle complotait, en guise de réponse celle-ci fut pris d'un rire aussi maléfique que sa personne, leur expliquant qu'ils ne pouvaient plus échapper à leur destin puisqu'elle se trouvait à la fois dans le passé, le présent et le futur. Plus rien selon elle ne pouvait l'arrêter et à cet instant elle tendit sa main vers l'avant ce qui eut pour effet de repousser les Seeds les mettant à terre. Elle se protégea d'un bouclier impénétrable qu'aucun humain ne pouvait briser puis effectua sa compression du temps devant leurs yeux.

Les Seeds impuissants, étaient dans l'incapacité de l'arrêter. Alors qu'ils croyaient que tout était perdu survint un évènement aléatoire. Les pouvoirs qu'avait rassemblé Ultimécia au cours de ses voyages temporels lui avait accordé une incroyable puissance, sa compression du temps n'était pas à l'échelle de leur monde, mais bien au-delà. La compression temporelle provoqua l'apparition d'une planète inconnue qui se trouvait prête à entrer en collision avec la leur. Cependant, un autre évènement intervint, une puissance d'un autre monde entoura cette planète inconnue pour faire exploser celle-ci en une pluie de météorites. Ces facteurs hasardeux causèrent une mauvaise manipulation du temps à la Sorcière. Les Seeds les plus proches furent envoyé dans d'autres mondes inconnus. La compression du temps s'acheva, ce n'était guère un succès. La Sorcière épuisée fut elle aussi envoyée dans un autre univers.

Néanmoins, ces évènements n'influencèrent pas les distorsions temporelles qui étaient toujours un problème d'actualité. Ellone ressentit que Squall avait disparu de la surface du globe, mais qu'il était toujours en vie. Inquiète, elle demanda aux Seeds de la ramener à Esthar où elle discuta avec son oncle et le Dr. Geyser de ces rêves où elle avait vu les Seeds rencontrant Ultimécia vers l'Orphelinat, mais aussi qu'ils étaient encore en vie. S'appuyant sur ses signaux enregistré, le Dr. Geyser leur confia son excitation sur la découverte de mondes parallèles existants. La pluie de météorites leur avait légué des sortes d'objets qui leur permettaient de voyager dans d'autres contrées non répertoriés sur leurs cartes. Ellone était la seule connexion permettant de retrouver les Seeds disparus.

Djidane prit plusieurs années pour rentrer à Alexandrie depuis leur victoire contre Darkness. Ce fut des retrouvailles riches en émotions avec la princesse qui depuis ce jour est devenu la reine d'Alexandrie. Sachant que la collision d'Hera et Terra était inévitable, ils cherchèrent tout de même un moyen afin que les habitants continuent leurs existences à travers les âge. Aucune solution ne semblait contourner le sort funeste qui s'abattrait sur eux tôt ou tard. Bien qu'ils espéraient que leur planète soit éternel, cet espoir semblait vain.

Pourtant, leur voeu allait être exaucé. Bien avant sa collision, Tera disparut. Le ciel se retrouva avec une seule lune. Les habitants pensaient être sauvés, en effet cette mystérieuse disparition laissait à penser qu'Hera ne serait jamais détruite et qu'ils pourraient vivre paisiblement. Malgré la disparition de Tera, quelques phénomènes étranges vinrent les perturber aussitôt. La nuit s'instaura dans tous les recoins d'Hera, une sorte de vague noire engloutissait la planète. Il se succéda par la suite à une incommensurable pluie de météorites de toutes les couleurs. Héra était pris de tremblements de terre qui s'estompèrent à la fin de ces évènements.

Au fur et à mesure que la vague noire se dissipait, les habitants éclairés à nouveau par le soleil aperçurent dans le ciel une seconde lune. Elle n'était pas semblable à la première, celle-ci était beaucoup plus petite et fonçait droit sur leur planète. Cette chose moins imposante que Tera s'échoua sur Héra, laissant un large cratère après sa chute sur le Continent Oublié, entre le Sanctuaire de l'Eau et Euyevair. Hera n'était pas détruite malgré la chute de cette "lune".

Les rumeurs sur le lieu de la chute de cette "lune" arrivèrent jusqu'à Lindblum et Alexandrie. La Mog Poste dépêcha un mog coursier qui s'empressa d'aller avertir Cid Fabul IX et Grenat Di Alexandros de ce qui avait été vu sur les lieux. Ils furent mit au courant que la météorite abritait un corps étranger.

L'au-delà, le lieu où toutes les âmes vont et se retrouvent pour l'éternité. Lorsqu'une personne meure, un invokeur prépare un rituel pour accompagner les âmes dans l'au-delà. Si ce rituel n'est pas fait, les âmes se transforment en monstre par jalousie des vivants.

Yu-Yévon était un dieu dans l'univers de Spira, contrôlant Sin, il éradiquait toute nation se servant des machines, instaurant la crainte parmi les habitants de Spira, ceux-ci lui vouèrent un culte. Pendant des siècles la même situation se répétait à chaque fois, un Invokeur réalisait un pèlerinage et se sacrifiait pour invoquer l'Ultime Chimère capable d'éradiquer Sin et d'apporter la Félicité pendant une dizaine d'année. Ce cercle vicieux pris fin lors du périple du dernier Invokeur en date. Dame Yuna mit un terme à ce cycle en tuant Sin une bonne fois pour toute, sans utiliser l'Ultime Chimère. La Félicité s'installa pour de bon sur Spira.

Cette Félicité dura de longues années jusqu'au jour où de curieux évènements vinrent la perturber. Tentant de revenir à la vie pour se venger de sa chute provoquée par Yuna, Yu-Yévon décida de ressusciter les esprits de l'au-delà afin de se créer une armée de monstre et d'engendrer la destruction sur Spira. Désormais Spira est plongés dans le Chaos. Yu-Yévon ne se contenta pas seulement de son armée, il réincarna aussi les anciens invokeurs pour s'en servir de réceptacle et agir à sa guise. Les invokeurs qu'il réssucita furent tout d'abord sa fille, Dame Yunalesca, le Grand Invokeur Gandof, l'Invokeur Ohalland originaire de Kilika, Dame Yocun et enfin le père de Yuna, Braska. Yu-Yévon eut l'idée de placer chacun des Invokeurs dans différentes régions de Spira pour propager les monstres et la destruction dans chaque recoin de Spira.

Par ailleurs, un autre étrange phénomène se manifesta en même temps que la réincarnation de Yu-Yévon. Un étrange astre se tenait comme par magie dans les cieux, sa chute s'accélérant pour entrer en collision avec les terres de Spira. Mais bien avant que cet astre ne s'écrase et efface toute forme de vie, celui-ci fut entouré d'une brume noire au point que l'astre éclata en milliers de particules. Ces particules chutèrent par la force de la gravité dans divers recoins de Spira et attiraient bon nombre de curieux. Le phénomène tout aussi étrange qu'inexplicable ne s'arrête pas là, toute personne ayant été entré en contact avec ce qu'il restait des météorites disparurent à jamais. Devant cette situation Yuna ne pouvait rester à l'écart. Ayant acquis une grande renommée de part sa condition d'ex-invokeur, elle faisait partie des plus grands sages de Spira. Yuna était devenue une grande mage mature et expérimentée. Sa personne imposait le respect. Il était évident qu'elle jouerait un rôle central dans tous ces évènements.

Afin de déjouer les plans de Yu-Yévon, un conseil réunissant tous les Grands Sages se mit en place. Après une longue discussion autour des problèmes engendrés par Yu-Yévon, une solution fut trouvée. Pour mettre un terme aux agissements de Yu-Yévon, il fallait une personne qui puisse faire retourner les monstres dans l'au-delà, mais aussi sceller en elle l'entité de Yu-Yévon ancré dans le corps de Braska et des autres invokeurs. Ainsi Yu-Yévon n'aurait plus de réceptacle assez puissant pour le contenir. Comme Yuna incarnait la pureté, elle ne pourrait jamais être corrompue par le mal. Cette tâche lui revenait.

Néanmoins, les Grands Sages ne savait si cet acte, le scellement à jamais de Yu-Yévon, pourrait causer la mort de Dame Yuna. "Yu-Yévon est tellement puissant que si on essaye de le sceller en soit cela peut nous tuer, mais si l'hôte meurt il est fort probable que l'entité meurt aussi." révéla l'un des Grands Sages. En effet, ils avaient déjà essayé par eux-mêmes d'anéantir Yu-Yévon, mais sans succès. Sceller l'entité de Yu-Yévon revenait à sceller aussi l'âme de Yuna afin qu'il disparaisse à jamais. Pour que Yuna puisse le tuer il fallait qu'elle sacrifie sa vie.

Pour que Yuna puisse sceller Yu-Yévon en elle, il fallait qu'elle retrouve ses privilèges d'invokeur. Seulement Yuna était consciente qu'elle ne pouvait plus récupérer ses pouvoirs d'antan, il était donc impossible qu'un tel prodige se réalise puisque les Priants n'existaient plus. Seulement, les Grands Sages lui révélèrent qu'elle pourrait de nouveau invoquer si elle se rendait dans d'autres univers où il resterait des Priants encore en vie. En effet, ils lui rapportèrent que cette pluie de météorites leur avait légué quelques étranges emblèmes dont celui du haut de son bâton d'invokeur. Ils étaient persuadés que cet emblème était la solution à leur problème. Sans doute existait-il un lien entre l'apparition de Yu-Yévon et de ses emblèmes. Ayant expérimenté ces emblèmes, ils en conclurent qu'ils pouvaient se rendre dans d'autres contrées inconnues où il existait des invocations qui seraient capables de restituer les pouvoirs de Yuna. Chaque emblème inconnu amenait la personne les utilisant dans des contrées inconnues tandis que l'emblème du sceau du bâton d'invokeur de Yuna leur permettait de retourner sur Spira. Un étrange pèlerinage se dessinait.

Pendant que Dame Yuna irait récupérer sa condition d'invokeur dans ces autres univers il fallait aussi stopper la progression de Yu-Yévon. Ils acceptèrent à l'unanimité de ramener quelques personnes de l'au-delà qui seraient capables de vaincre les anciens invokeurs. Dans le cas de Braska, les seules personnes que cet illustre invokeur connaissait si bien était sans nul doute ses gardiens, Sir Jecht et Sir Auron. Le rituel des grands sages débuta et ainsi Jecht et Auron furent ressuscités. Ce rituel était réalisable qu'une seule fois tous les mille ans à la condition que tous les Sages soient réunis à l'entrée des Portes de l'au-delà. Les corps de Sir Jecht et Auron furent ramené à la vie en échange du sacrifice de quelques Sages qui moururent pendant le rituel.

Dès leur retour dans le monde des vivants, ce fut Yuna qui se chargea de leur raconter la situation dans laquelle se trouvait Spira. Leur rôle était de défier Braska ainsi que les autres invokeurs, entités que Yu-Yévon contrôlait. Ces deux gardiens devaient ralentir la progression des cinq invokeurs pendant le temps que Yuna puisse récupérer ses pouvoirs d'invokeur et mettre un terme aux agissements de Yu-Yévon. La première partie du plan des Grands Sages étaient entamée, il fallait maintenant que Dame Yuna se prépare à réaliser son pèlerinage.

Non seulement cette pluie de météorites leur avait légué une nouvelle chance de s'opposer face à Yu-Yévon, mais en plus l'au-delà en fut affecté que certaines personnes portées disparues ou décédées revinrent à la vie sans pour autant se transformer en monstre. La progression de l'armée de Yu-Yévon s'estompa lorsque l'au-delà commença à fonctionner étrangement en laissant revivre les âmes en tant qu'être humain.

La grande guerre prit fin, le Commandant de l'armé impérial, Vayne Carudas Solidor, fût vaincu dans un terrible combat sur le Bahamut. Sa mort entraîna la destruction de toute sa flotte, la forteresse s'écrasant aux alentours de Rabanastre. Par chance Vaan et ses amis réussirent à s'échapper de justesse, Balthier resta sur la Forteresse Volante pour la dévier afin qu'elle ne tombe pas sur Rabanastre puis en profita pour jouer les héros et sauver Fran inextremis.

Pendant ce chaos autour de cet affrontement épique, Ashelia B'Nargin Dalmasca, héritière du trône de Dalmasca, conclu une trêve avec Larsa Ferrinas Solidor, quatrième fils de l'empereur d'Archadia.

Après toutes ces années de guerre, la paix était enfin revenue sur Ivalice.

Toute l'équipe se séparèrent, Balthier et Fran continuèrent leurs aventures de pirates des airs, Vaan obtint son propre vaisseau et Ashe prit ses fonctions de Reines protéger par Bash.

Mais cette paix fût de courte durée, à peine remis de leurs émotions un plus grand danger encore menacé Ivalice. Un météore fût détecté et se dirigeait droit vers Rabanastre, un plan d'urgence est mis en place pour évacué la ville et ses alentours. La collision était inévitable, l'agitation de la guerre avait considérablement affaibli la flotte militaire de Rabanastre et avais détourné l'attention de ce qui les menaçaient.

Pendant une nuit étoilée, le ciel dégagé, une immense lueur déchira les cieux, s'éparpillant en plusieurs boules de feu. Le météore s'était disloqué en plusieurs morceaux au contact de l'atmosphère. Le peuple d'Ivalice c'était préparé à l'impact, la plupart caché dans les souterrains. Quelques secondes après la lueur, l'impact fit trembler le sol, tellement fort que tout Ivalice sentit les secousses, la destruction s'étendait à perte de vu, Rabanastre n'était plus qu'un tas de ruine, les autres morceaux du météore s'écrasèrent un peu partout sur la planète détruisant plusieurs villes.

Les secousses avaient cessé, les autorités interdisent toutes sorties vers l'extérieur.

Les grands dirigeant d'Ivalice ce réunissent en Urgence pour décider de la suite des évènements. Ils devaient obligatoirement faire une enquête sur les lieux des impacts pour retirer tout risque de menace.

Vaan et les anciens amis de Ashe rejoignirent rapidement le conseil afin de comprendre plus en détails les évènements. La Reine de Dalmasca leur proposa de menais l'enquête autour des impacts. Ils acceptèrent d'accompagner une fois de plus leur amie, Bash restant toujours aux côtés de sa reine.

Ils prirent le vaisseaux de Balthier afin de se rendre sur les lieux, la vision du cratère vu du ciel les subjugua. Rabanastre était entouré d'un énorme dôme orageux, d'immense nuage gris se tenait tout autour, des éclairs retentissais à l'intérieur. Une fois à terre Balthier remarqua quelque chose de suspect, un rochet qu'il avait remarqué entier vu du ciel, s'est retrouvé quasiment englouti par le dôme. L'équipe ne croyais pas ce que leur raconté Balthier jusqu'à que le dôme ce rapprocha dangereusement du vaisseau. Le doute n'était plus permis, cet orage autour du cratère s'étendait bel et bien. Si le dôme continuait son avancée, Ivalice serais englouti pour l'éternité, ils devaient absolument trouver un moyen de le repousser.

Au même moment, des roches et autres fragments jaillirent du brouillard, Balthier vis un objet brillant lui foncer dessus, il l'esquiva au dernier moment et l'objet fini par rebondir sur le vaisseaux. L'objet émettait une étrange lueur, ils se réunirent tous autour du fragment. Balthier le récupéra sans faire attention à ce que cela pourrait lui causer, l'objet projeta une carte, puis un décor, de magnifique vallées, des déserts, des châteaux, des forêts avec à chaque fois une lueur semblable à la lueur que produisait l'objet que Balthier tenait. Pendant qu'ils étaient stupéfaits devant cet étrange emblème le nuage continua d'avancer, il finit par les dépasser faisant une déformation dans le dôme, cet emblème avait donc le pouvoir de le repousser et sauver Ivalice, mais hélas cet unique objet ne pouvait pas tout contenir. Ils déduisirent facilement qu'ils devaient trouver les autres emblèmes pour anéantir ce dôme et sauver leur monde, mais pour cela il fallait surement trouver un moyen d'atteindre cet endroit indiqué par l'emblème.

Ce fut à ce moment-là que Vaan indiqua avec son doigt l'endroit lumineux sur la projection. Sa main se fit aussitôt aspirer, sous une forme de distorsion. Paniqués, ses amis le tirèrent vers l'arrière, unissant leur force pour l'aider. Mais la force d'aspiration était si forte qu'ils finirent tous par être aspirés. Ils se retrouvèrent tout d'un coup dans un lieu inconnu ressemblant trait pour trait à l'endroit que projetait l'emblème. Ils avaient, sans le vouloir, trouvé un moyen de naviguer à travers différents univers. L'objectif était maintenant simple, retrouver tous les emblèmes à travers les différents univers pour sauver Ivalice !

Lors de l'affrontement final, opposant le Gardien Eternal face aux deux voyageurs du temps, Caius décida de son plein gré de se soustraire à la vie éternelle en s'embrochant de force en tirant sur l'arme de Noel. Par la suite, une multitude de portails apparurent devant les deux voyageurs du temps. Ils prirent soin de choisir le bon pour retourner dans un avenir prometteur, un avenir où ils y retrouvèrent Hope ainsi que Sazh et son fils.

Leur retrouvailles ne fut que de courtes durées, l'impensable se produisit, Serah eut une nouvelle vision mettant aussitôt un terme à sa vie et plongeant par la même occasion le monde dans le Chaos. A Valhalla le temps s'écoulait différemment, Serah ne pouvait donc pas mourir dans le monde des morts, elle était donc en vie là-bas même si le coeur d'Etro avait été détruit. Ce n'était que lorsque le portail entre les deux mondes s'ouvrit par l'anéantissement du coeur de la Déesse que le Chaos se répandit, léguant une nouvelle fin à l'humanité.

Pendant que le Chaos tentait d'anéantir le monde, un étrange phénomène se produisit. Le Chaos se répandait et détruisait tout, mais après son passage l'environnement se reconstituait comme si le chaos était inefficace. Alors que le Chaos détruisit les restes de Cocoon, celui-ci se rebâtissait sans sa colonne cristalline, c'était le Cocoon d'antan que seuls les exilés connaissaient. Les vagues de Chaos engloutissaient le monde tout en le refaisant renaître comme par magie. Pourtant, le Chaos était synonyme de destruction. Tout avait l'air de se réincarner, les anciens paysages datant avant la destruction de Cocoon apparaissaient.

Le phénomène mystérieux, dont ils étaient témoins, était dû au sortilège qui avait été lancé dans un autre monde. Le passé de Gran Pulse devenait le présent. Le Chaos, relâché dans le monde des vivants, s'estompait. Le ciel nuageux arborait de multiples artifices de différentes couleurs qui se perdaient dans le décors.

Au Valhalla, le coeur de la Déesse Etro qui avait été détruit par l'arme du sauveur de l'humanité brillait à nouveau. Les évènements reprirent à ce moment-là où Caius tenta de se suicider pour libérer Yeul et lui-même de leur éternité quand soudain le coeur d'Etro se brisa en une multitude de fragments. Le coeur en morceaux s'éparpilla à la fois sur le sable noir et dans l'eau. Les fragments se mirent à disparaitre en scintillant, comme s'ils étaient appelés à aller ailleurs. Un seul de ses fragments resta sur le sable de Valhalla brillant de son éclat d'origine. L'esprit d'Etro y sommeillait, faiblement.

Le cristal de Fang et Vanille étaient intacts, avec ses derniers pouvoirs la Déesse mit fin à leur stase cristalline tout en leur confiant une vision. Elle leur dévoila à elles ainsi qu'à la déesse guerrière avec qui Etro était étroitement liée que son anéantissement pouvait conduire à la destruction de leur monde. Le seul moyen pour éviter cela était de retrouver les fragments de coeur de la Déesse disséminés dans les autres univers qui était en contact avec le leur grâce aux emblèmes qui s'étaient échoués sur les terres de Gran Pulse.

Tandis qu'elle libérait les deux enfants de Gran Pulse de leur sort, la Déesse Etro légua une dernière partie de ses pouvoirs avant d'entrer elle-même en phrase cristalline. Le seul fragment du coeur de la Déesse qu'ils possédaient se cristallisa en conférant un équilibre au monde. Si ce fragment devait se briser le monde sombrerait pour de bon dans le Chaos. Bien que le fragment de coeur de la Déesse était figée, le temps était compté.